小产权房不能通过公证书证明所有权，原因如下：
公证机构的职责与限制公证机构仅对合法的财产关系和法律行为进行公证。小产权房因未办理合法的产权登记，其产权归属存在争议，不符合公证条件。例如，集体土地上的房屋未取得合法审批手续，或土地性质为集体土地但未办理土地出让手续，此类房屋无法通过公证确认所有权。
法律效力的局限性公证只能证明合同或协议的真实性，但不能改变小产权房的违法性质。即使经过公证，房屋仍无法办理产权登记，其所有权仍存在不确定性。在涉及拆迁、继承、买卖等纠纷时，公证文件无法对抗法律对小产权房的限制性规定。
替代证明材料的效力若需证明小产权房的权益，可提供以下材料作为辅助证据：
购房合同、收据、土地费缴纳凭证；
连续水电费缴纳记录（证明实际占有）；
村集体或物业的登记备案；
法院确权判决（具有最高法律效力）。
建议：若涉及小产权房的权益纠纷，建议咨询专业律师，通过合法途径解决。公证并非确认所有权的有效方式，需结合实际情况选择合适的法律手段。
引用法条
中华人民共和国公证法
