合法替代措施工厂若需管理员工违纪行为，可通过以下合法方式实现：
绩效考核：将出勤、工作表现等与绩效工资挂钩，通过扣除绩效奖金的方式体现对员工行为的约束；
损失赔偿：因员工本人原因给工厂造成经济损失的，可按劳动合同约定要求员工赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
纪律处分：通过警告、书面警告、调岗等措施对员工违纪行为进行处理，但需确保相关措施在规章制度中有明确依据且程序合法。
综上，工厂应避免直接对员工进行罚款，而是通过合法、合理的管理措施规范员工行为，同时需确保规章制度的制定和实施符合法律要求，以降低劳动纠纷风险。
引用法条
中华人民共和国劳动合同法
