二者的法律性质不同：
竞业限制是约定义务，如果用人单位与劳动者没有约定，则劳动者不存在竞业禁止义务；保密义务是法定义务，无论双方有无约定，劳动者在劳动合同存续期间和离职后均应承担保守商业秘密的义务。
二者限制行为的内容不同：
竞业禁止限制的是劳动者在离职后、兼职从事同种行业、服务或经营同类产品、服务的行为；保密义务限制的是劳动者自己使用或向第三人泄露其在用人单位工作时获得的商业秘密或其他秘密。
二者的生效条件不同：
竞业禁止协议以用人单位向劳动者支付经济补偿金为生效条件，保密协议自双方达成意思一致并签字或盖章后生效。
二者期限不同：
竞业禁止最长不超过两年，保密义务的存在没有期限的限制，只要作为保密协议对象的商业秘密存在，保密义务就一直存在。
引用法条
中华人民共和国反不正当竞争法
