确认股东资格的纠纷是不受除斥期间限制的，而是适用诉讼时效。诉讼时效已过的处理办法：当事人仍然能够就确权等相关事项，向人民法院起诉，若另一方未提出诉讼时效抗辩的在，则人民法院应当予以支持确权，若提出抗辩的，则请求确权的一方丧失胜诉权。
法律依据
《中华人民共和国公司法》第一百九十九条
法律规定或者当事人约定的撤销权、解除权等权利的存续期间，除法律另有规定外，自权利人知道或者应当知道权利产生之日起计算，不适用有关诉讼时效中止、中断和延长的规定。存续期间届满，撤销权、解除权等权利消灭。
第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
引用法条
公司法
