工伤赔偿公司先行垫付的医药费，后续赔偿是否需要扣除，取决于具体情况。
如果公司垫付的医药费在工伤赔偿中得到了明确的列出和计算，那么在后续赔偿中可能会扣除这部分费用。然而，如果工伤赔偿中没有明确包括公司垫付的医药费，或者赔偿金额不足以覆盖所有费用，那么公司可能会要求在后续赔偿中扣除垫付的医药费。
如果对工伤赔偿中公司垫付的医药费是否应扣除存在争议，可以通过以下途径解决：
1. 与公司协商：与公司进行沟通，了解其扣除医药费的依据和计算方式，并尝试协商解决争议。
2. 申请劳动仲裁：如果与公司协商无果，可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁，要求对工伤赔偿进行裁决。
3. 提起诉讼：如果对仲裁结果不满意，可以向法院提起诉讼，通过法律途径解决争议。
在处理工伤赔偿和公司垫付医药费的问题时，建议咨询专业的法律顾问或律师，以获取准确的法律建议和指导。
引用法条
中华人民共和国民法典
