本院认为，本案二审的争议焦点为：
一、一审判决璞润公司按月息2%向邗建公司支付逾期支付工程进度款的违约金及违约金的起算时间是否正确；
二、璞润公司主张邗建公司应提供竣工验收报告、竣工验收备案所需全套资料的诉求应否予以支持；
三、璞润公司主张邗建公司赔付消防蓄水池、外立面线条工程不合格及部分工程缺陷而进行整改修复发生的费用1164969.78元应否予以支持。
一、关于一审判决璞润公司按月息2%向邗建公司支付逾期支付工程进度款的违约金及违约金的起算时间是否正确的问题。
（一）对逾期支付工程进度款1000万元的违约金的确定。
本案系承包人邗建公司就案涉工程第二次向发包人璞润公司诉讼主张工程款等事项。在第一次的诉讼案即已生效的（2016）青民初90号民事判决、（2017）最高法民终578号民事判决中已确认双方于2013年7月3日签订的《建设工程施工合同》及2014年8月21日签订的《补充协议》为有效合同。双方均应按《建设工程施工合同》及《补充协议》的约定履行各自的合同义务。《补充协议》约定“在2014年12月15日前，璞润公司再支付进度款壹仟万元；如璞润公司未在约定的期限内支付工程进度款、工程竣工结算款和保证金，应支付邗建公司违约金，违约金以璞润公司实际欠款金额为基数，每逾期一日，按逾期金额的千分之一支付违约金；鉴于璞润公司知晓邗建公司是通过社会融资的方式建设，仅对本协议第一条第一款金额（1600万元）和第一条第二款金额（150万元），融资费率每月为融资额度的5%，
因此，璞润公司对上述违约责任约定的合理性有充分理解，并承诺在违约以后，无权请求人民法院减轻违约责任。”根据该约定内容，可知就“第一条第一款金额（1600万元）和第一条第二款金额（150万元）”双方对违约后果进行了特别约定，璞润公司知晓邗建公司是通过社会融资的方式建设，融资费率每月为融资额度的5%，璞润公司对逾期付款应承担的后果已充分认知，并承诺在违约后无权请求人民法院减轻违约责任。现邗建公司对其中逾期支付的1000万元进度款，自动降低违约金计算标准，按照月息2%主张违约金，低于双方特别约定的标准，不属于相关法律及司法解释规定的违约金约定过高应予调整的情形。
故一审判决该逾期支付的1000万元进度款，从应付而未付款之日的次日即2014年12月16日起，按月息2%标准计算违约金，并根据邗建公司提供的违约金计算明细，对2014年12月16日至2015年7月17日期间璞润公司陆续付款数额进行相应扣减，计算违约金为86.0227万元，应予确认。
（二）关于邗建公司主张逾期支付进度款1000万元的违约金请求是否已经超过诉讼时效的问题。
邗建公司在2016年10月11日第一次起诉的（2016）青民初90号案件中，已主张过该部分违约金，在审理中又撤回，该部分违约金主张因提起诉讼而发生了诉讼时效中断，从第一次起诉后诉讼时效重新起算，截止本次诉讼，时效并未超过，故璞润公司认为该部分违约金请求已超过诉讼时效的上诉理由不成立，一审判决认定正确，本院予以确认。
（三）关于已生效判决确定的90%的进度款中剩余未付4635.7万元工程款的违约金的确定。
1.关于违约金的起算时间。本案中，邗建公司施工至主体封顶并于2015年7月17日分项验收合格后退场。案涉《建设工程施工合同》约定“主体封顶付总工程款的90%，验收合格后30日内支付总工程款的95%。”根据该约定璞润公司应在2015年7月18日向邗建公司支付工程款8010万元（总工程价款8900万元的90%），扣除已付款，已生效（2016）青民初90号判决确认欠付工程进度款为4635.7万元。在璞润公司未能依照合同约定时间支付该4635.7万元进度款的情况下，应当从其违反合同约定支付时间即2015年7月18日起承担支付违约金的责任，对此，一审判决认定正确。而璞润公司主张应从生效判决确定的给付之日计算违约金的理由不符合双方合同约定，于法无据，本院不予支持。
2.关于违约金约定是否过高予以调整的问题。案涉《补充协议》约定“如璞润公司未在约定的期限内支付工程进度款、工程竣工结算款和保证金，应支付邗建公司违约金，违约金以璞润公司实际欠款金额为基数，每逾期一日，按逾期金额的千分之一支付违约金。”邗建公司依据该约定，主动下调请求按照月息2%标准计算违约金。而璞润公司认为该标准仍然过高，应按照已生效（2016）青民初90号判决对逾期退还保证金违约金确定的标准，即按中国人民银行发布的同期同类贷款利率上浮30%支付违约金。
本院认为，根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。”和《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十九条“当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及逾期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的过分高于造成的损失。”的规定，本案合同当事人之间违约金的约定是否过高，应以璞润公司违约给邗建公司造成的实际损失为基础来认定。
引用法条
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释（二）》第二十九条
