当事人依据自愿原则行使民事权利，也受到一定的限制。自愿原则不是认可、鼓励民事主体绝对自由与放任。实践中，自愿原则主要受到以下五方面的限制：
一是为了国家公共利益进行干预的限制。市场经济条件下，为了公共利益，自愿原则在一定范围内、特定条件下，需受到国家干预的限制，比如，为了环境保护、食品药品安全、应对突发公共事件，需要对一些特定民事法律行为中的当事人意思自治进行限制。《中华人民共和国民法典》合同编中的第494条规定：“国家根据抢险救灾、疫情防控或者其他需要下达国家订货任务、指令性任务的，有关民事主体之间应当依照有关法律、行政法规规定的权利和义务订立合同。依照法律、行政法规的规定负有发出要约义务的当事人，应当及时发出合理的要约。依照法律、行政法规的规定负有作出承诺义务的当事人，不得拒绝对方合理的订立合同要求。”
二是民法的其他基本原则的限制。《中华人民共和国民法典》在规定自愿原则的同时，还规定了其他原则，如诚信原则、公平原则、守法和公序良俗原则、禁止权利滥用原则。根据自愿原则行使权利的时候，并不能违背其他原则。这些原则在一定程度上限制了自愿原则的不当行使。诚信原则要求人们在进行民事活动时对他人以诚相待，在订立合同时应如实向对方告知相关情况，不损害对方利益；民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗；民事主体在行使权利时不能损害他人、集体和国家的利益。
三是民法中的强制性规范对自愿原则的限制。原则上不容许以个人的意思排除法律强制性规定的适用。我们拿婚姻关系来举例说明。婚姻关系的发生，男女双方虽然能自主决定，但一旦合法成立，婚姻关系内容非结婚当事人所能左右。夫妻间相互的扶助义务，对婚后财产的共有，对子女的共同抚养教育，这些权利和义务都是法定的，不会因当事人自愿约定而更改。比如夫妻间约定某一方不能参加工作，要专心操持家务，或者约定某一方对子女没有抚育权利，在法律上都是不受保护的。再比如，公民有立遗嘱的自由，但不得违反法律的特殊规定，比如对没有生活来源的被继承人，必须适当保留财产份额保障其生活。如果完全剥夺了其继承份额，那么遗嘱的该部分条款就是无效的。
四是强制缔约义务是对合同自由原则的限制。强制缔约义务源于法律的明确规定，这种规定是国家基于社会整体利益考虑而制定的，某些特殊主体必须承担与相对人订立合同的义务，而不能由其自愿，如供水、供电、邮政、电信等公共服务部门。法律规定限制了这些具有垄断性质的部门不能享有随意订立或不订立合同的自由，保护了相对方，维护了社会公共利益。
五是对格式条款的限制。格式条款的特点之一是具有稳定性和不变性，它普遍适用于一切要与起草人订立合同的不特定的相对人。相对人对合同的内容只能表示完全的同意或拒绝，而不能修改变更合同的内容。因此，格式合同在订立时一般不能协商。这样，相对人在订立合同时居于从属地位，只能概括地接受或不接受，而不能就格式合同讨价还价。而合同是“当事人在平等自愿基础上所达成的协议”。在存在大量格式合同的今天，“平等自愿”在一定程度上打了折扣。因此，可以说，格式合同对契约自由原则形成了挑战。《中华人民共和国民法典》497条和506条对合同格式条款的效力进行了严格的限制，规定了不合理免除条款提供方责任、加重对方责任、排除对方主要权利等情形的格式条款无效，这条规定看似限缩了自愿原则的适用，但实质上，是法律对平等自愿的一种支持补强，一定程度上平衡了双方的利益差距，保护了相对弱小方的利益。
引用法条
中华人民共和国民法典
