自行做的鉴定不能在办案期限中扣除，但治安处罚案件中为了查明案情进行的鉴定时间不计入行政机关办案期限。如果派出所办理案件超过了法律规定的办案期限，当事人可以向法院提起行政诉讼。法院会根据程序违法的不同程度，判决撤销或者确认违法。
还有一种情况，治安处罚案件中往往会涉及伤情鉴定，而为了查明案情进行鉴定的时间是不计入行政机关办案期限的。
根据法律规定，公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。不过，如果是当事人自行委托鉴定机构做的鉴定，这个鉴定期间就不能算在公安机关的办案期限中予以扣除。所以小王如果有证据证明派出所办理案件超过了法律规定的办案期限，也是可以向法院提起行政诉讼的。因为公安机关作出行政行为除了要认定事实清楚、适用法律正确、处罚幅度适当，还应当要在法律规定的期限内作出行政行为，既要保障当事人的实体权利，也要保障当事人的程序权利。否则，法院会根据公安机关程序违法的不同程度，判决撤销或者确认违法。
