两者存在以下区别：一是承包合同的主体不同。
工程转包后，转让人即转包人退出承包关系，受让人即转承包人成为承包合同的另一方当事人，转让人对受让人的履行行为不承担责任。转包在理论上称为合同的转让，是合同权利义务的概括转移。依据《民法典》第七百九十一条第二款规定，“总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。第三人就其完成的工作成果与总承包人或者勘察、设计、施工承包人向发包人承担连带责……”由此可知，专业承包合同是指发包人或承包人和第三人订立协议，原承包人并不脱离合同关系，由第三人加人合同关系，与承包人连带承担合同义务的债务承担方式。建设工程合同的主体没有改变，仍是发包人与承包人，专业承包合同依附于总包合同。
二是法律限制程度不同。工程转包是违法行为，《民法典》第七百九十一条第二款第三句明确规定，“承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程支解以后以分包的名义分别转包给第三人”。依法成立的专业承包合同则具有法律效力。依据《民法典》第七百九十一条第二款的规定，经发包人同意，承包人可将部分工作交由第三人完成；同时第三款规定。。。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成”。与之相符，《招标投标法》第四十八条第二款规定， 中标人按照合同约定或者经招标人同意，可以将中标项目的部分非主体、非关键性工作分包给他人完成。
《建筑法》第二十九条规定： “。。。。施工总承包的，建筑工程主体结构的施工必须由总承包单位自行完成。。。。”因此，专业承包是依法有效的行为，有相应的条件限制：（1）承包人分包工程必须按照工程施工合同约定或经过发包人同意；（2）分包人应具有相应的资质条件；（3）分包工程限于非主体、非关键性部分；（4） 分包单位不得将其承包的工程再分包。符合其中一条即构成违法分包。三是工程项目中承包人（转包人）所处地位不同。专业承包中，总承包人独立完成主体工程，并对分包工程进行管理。关于转包，通常转包人只收取管理费，对工程建设不提供任何技术和管理。
