工伤认定时限超过后，损害赔偿的计算方式需根据具体情况确定，主要有以下两种情形：
1. 用人单位存在过错导致超期如果是因为用人单位未及时申请工伤认定（如未在规定时限内提交申请且无正当理由），或存在隐瞒事故、误导劳动者等行为导致劳动者错过认定时限，劳动者可以向用人单位主张人身损害赔偿。
在这种情况下，赔偿计算通常参照人身损害赔偿的标准，包括：
医疗费：根据实际发生的医疗费用票据计算，包括诊疗费、药费、住院费等。
误工费：根据劳动者的误工时间和收入状况确定。误工时间根据医疗机构出具的证明确定；收入状况根据劳动者受伤前的工资水平计算，若工资不固定，可参照同行业平均工资或当地平均工资标准。
护理费：根据护理人员的收入状况和护理期限确定。护理期限根据医疗机构的意见或鉴定结论确定，护理人员有收入的，参照误工费的规定计算；没有收入或者雇佣护工的，参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准计算。
残疾赔偿金：根据劳动者伤残等级，按照受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准，自定残之日起按一定年限计算。例如，十级伤残一般按20年计算，每增加一级伤残，赔偿年限相应增加。
精神损害抚慰金：根据伤残等级、侵权人的过错程度、侵权行为造成的后果等因素酌情确定。
2. 劳动者自身原因导致超期如果是因为劳动者自身原因（如未及时申请、故意拖延等）导致工伤认定超期，且用人单位不存在过错，劳动者一般无法通过工伤保险途径获得赔偿，也难以直接向用人单位主张人身损害赔偿。但在某些情况下，若劳动者能证明用人单位存在未履行安全保障义务等过错，可尝试主张用人单位承担部分赔偿责任，具体责任比例由法院根据双方过错程度判定。
需要注意的是，不同地区的司法实践可能存在差异，具体赔偿计算需结合当地法律法规和法院裁判规则。建议劳动者在遇到此类情况时，及时咨询专业律师，通过合法途径维护自身权益。
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