员工在公司工作中垫付费用的情况是否可以通过劳动仲裁进行主张，主要取决于垫付费用时的情况和性质。
首先，员工为公司垫付费用，往往是为了公司的利益，因此这之间形成了债权债务关系，而非劳动争议。基于这一前提，员工通常不能直接通过劳动仲裁来主张这些垫付的费用。
其次，员工在垫付费用时，需要确保自己有足够的证据证明这些费用的确已经发生。如果没有足够的证据，将来在涉及相关权益时可能会面临困难。
此外，在某些情况下，员工垫付的费用可能与公司的某些行为或规定有关，例如公司要求员工垫付的费用违反了相关法律法规或公司规定。在这种情况下，员工可能可以考虑通过劳动仲裁或其他途径来维护自己的权益。
总之，员工垫付费用是否可以通过劳动仲裁进行主张，需要根据具体情况来判断。如果涉及到具体的情况和疑虑，建议寻求专业法律意见或咨询。
引用法条
中华人民共和国民法典
