商标使用许可合同未经备案仍然有效，但备案与否会影响该合同对抗善意第三人的效力。根据最新的《中华人民共和国商标法》及相关司法解释，商标使用许可合同自双方当事人意思表示一致并签订书面合同时起成立并生效。即便未进行备案，许可合同本身在当事人之间的约束力不受影响。
然而，关于备案与对抗善意第三人的问题，《商标法》第四十三条第三款规定：“商标注册人许可他人使用其注册商标的，应当报商标局备案，并由商标局公告。商标使用许可未经备案不得对抗善意第三人。”
这意味着，尽管未备案的商标使用许可合同在许可人和被许可人间是有效的，但在实务操作中，若因未备案导致第三方无法通过官方渠道获知许可情况而与商标注册人或者被许可人发生权益冲突时，未备案的许可合同可能无法用来排除善意第三人的权益主张。
此外，商标使用许可备案还有助于明确商标使用权属状态，方便市场交易秩序的维护和管理，有助于保障许可双方的合法权益。因此，建议商标许可使用合同订立后及时向商标局申请备案。
引用法条
中华人民共和国商标法
