起诉工程欠款的程序通常包括以下几个步骤：

1. 准确选择被告：在提起诉讼时，需要选择发包人或承担连带责任保证担保方式的任何当事人作为被告。

2. 提交起诉书：应提交起诉书，并按照对方当事人的人数提交相应份数的副本。起诉状应明确写明民事案件双方当事人的基本情况，明确的请求对象，诉讼请求、事实和理由、证据和证据来源等。

3. 提交相关材料：根据"谁主张谁举证"原则，原告向法院起诉时应提交与请求事项有关的证据材料，如合同、协议、债权文书(借条、欠条等)、收发货凭证、往来信函等。

4. 交纳案件受理费：当事人在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费。

5. 等待审理：立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，一般在七天内对符合立案条件的办理立案手续;人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。

法律依据：

《民法典》第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。